Facultatea de Istorie este structurata pe 4 departamente:
1. Departamentul de Istoria României și a Sud-Estului European este un departament tradiţional, cu precursori iluştri. În prezent, departamentul şi-a orientat o parte importantă a eforturilor sale în vederea recuperării şi rescrierii unor perioade importante ale istoriei noastre naţionale.
2. Departamentul de Istorie antică, Arheologie si Istoria Artei are în prezent 14 membri, personalităţi marcante în domeniu. Sunt specialişti care acoperă domenii fundamentale ale istoriei antice şi arheologiei (Orientul antic, Istoria Greciei, Istoria Romei, Istoria veche a României, Epigrafie, etc.) cu o pregătire de specialitate şi cu o activitate ştiinţifică care se bucură de recunoaştere internaţională. In cadrul departamentului funcționează și două centre de cercetare, Centrul de Istorie Comparată al Societăților Antice și Seminarul de Arheologie “Vasile Pârvan”
3. Departamentul de Istorie Universală și Relații Internaționale reprezintă un nucleu de cercetare şi de predare deosebit de puternic şi de activ. Departamentul este recunoscut, prin multe subcolective ale ei (Istoriografie şi istoria mentalităţilor, Bizanţ, Imperiul Otoman, Integrare Euro-Atlantică), drept centru de referinţă pentru toate universităţile din ţară. Departamentul şi membrii săi au legături strânse de colaborare cu universităţi europene, ocupă funcţii de conducere în organisme internaţionale.
4. Școala Doctorală de Istorie